Одно из основных опасений специалистов и экологической общественности в связи с использованием ГМО в сельском хозяйстве — риск разрушения естественных экосистем. С расширением трансгенных посевов по всему миру он становится неотвратимым. ГМО чужды окружающей среде, они никогда не были ее частью. Мир сегодня сталкивается с принципиально новым видом загрязнения — генетическим. В отличие от химического и радиоактивного заражения оно наименее изучено, такое загрязнение невозможно остановить, а его последствия человек не в силах ликвидировать.
Кроме собственно генетического загрязнения, использование ГМО подразумевает и увеличение химического воздействия на окружающую среду. Уже доказано, что создание устойчивых к гербицидам сортов ГМ-растений увеличивает расходы химикатов и обостряет проблему химического загрязнения окружающей среды. Более 70% всех высеваемых ГМ-культур (включая сою) — это растения, устойчивые к гербициду Раундап компании «Монсанто». С 1998 по 2000 г. посевная площадь под трансгенные растения увеличилась в мире с 27,8 до 44,2 млн. га. За эти же два года объемы продаж Раундапа увеличились более чем в 5 раз. В 2001-2003 гг. наблюдалась аналогичная закономерность.
Среди экологических последствий использования ГМО наиболее вероятны следующие:
Проявление непредсказуемых новых свойств трансгенного организма из-за множественного действия внедренных в него чужеродных генов. Например, снижение срока хранения и устойчивости к критическим температурам при произрастании.
Риски отсроченного изменения свойств (через несколько поколений), связанные с адаптацией нового гена и с проявлением как новых свойств ГМО, так и с изменением уже декларированных.
Возникновение незапланированных организмов-мутантов (например, сорняков) с непредсказуемыми свойствами. Неконтролируемый перенос генных конструкций возможен, в том числе, вследствие переопыления ГМ-растений с дикорастущими родственными и предковыми видами.
Поражение нецелевых насекомых и других живых организмов. Сорта с внедренным геном устойчивости к вредителям могут оказаться опасными не только для них, но и для других питающихся на ГМ-растениях живых существ.
Негативное влияние на всех участников пищевой цепи в экосистеме. Корм, содержащий трансгенные компоненты, может негативно сказаться на животных, а затем на хищнике, питавшемся этим животным. По мнению известного норвежского молекулярного биолога профессора Терье Траавика из Университета Тромсе, Норвегия, когда рыба, питавшаяся генно-инженерным кормом, употребляется в пищу птицей, человеком или кем-то еще, возможное негативное влияние измененной ДНК определяется степенью присутствия данной ДНК в рыбе и изменениями (если они есть), которые произошли в организме рыбы. Однако экспериментальных исследований в это области до сих пор не .
Появление устойчивости к трансгенным токсинам у насекомых, бактерий, грибов и других организмов, питающихся ГМ-растениями.
Появление новых, более опасных штаммов фитовирусов, при взаимодействии фитовирусов с трансгенными конструкциями в ГМО, которые, как правило, содержат гены вирусов, используемых в качестве вспомогательных в процессе генной инженерии.
Потеря разнообразия генофонда диких сородичей культурных растений в генетических центрах их происхождения, вследствие переопыления их с родственными трансгенными растениями.
Влияние на естественный отбор. В Университете Пердью, Уэст-Лафайетт, штат Индиана, США специалисты создали компьютерную модель популяции из 60,000 диких рыб, в которую проникли 60 трансгенных особей. Результат — через приблизительно 40 поколений (то есть через несколько лет) они вытеснили всю популяцию диких сородичей. В настоящее время специалисты проводят эксперимент в аквариумах для определения возможности возникновения такой ситуации в реальности.